今から約千年前桓武天皇第六代皇胤平将門は、時の朝廷の政策に憤りを覚え乱(承平天慶の乱)を起こした。しかし藤原秀郷・平貞盛等に鎮められ、平将門は捕えられ首を討たれた。その首は京都に送られさらし首となったが、故郷恋しさのあまり獄門を抜け出し関東へ戻ろうと飛び立った。
この異変を知り、美濃の国南宮大社では、平将門の首が関東に戻ることにより再び乱の起こることを恐れ祈願したところ、神社に座す隼人神が矢をつがへ東に飛びゆく平将門の首を射落とした。
この首が落ちた荒尾の地に平将門を神として崇め祀ることによって再びその首が、関東に戻らぬようその怒りを鎮め霊を慰めるために創建されたと言われる。